Institutos
| Unidade | Áreas | Programa | Nível | Conceito 2004/2006 | Conceito 2007/2009 | Conceito 2010/2012 | Conceito 2013/2016 |
| Instituto de Artes | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Multimeios | M/D | 4 | 4 | 4 | 3 |
| Instituto de Artes | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Artes da Cena | M/D | – | 4 | 4 | 5 |
| Instituto de Artes | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Artes Visuais | M/D | – | 4 | 4 | 4 |
| Instituto de Artes | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Música | M/D | 5 | 5 | 5 | 6 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biologia Funcional e Molecular | M/D | 6 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biologia Celular e Estrutural | M/D | 6 | 5 | 6 | 6 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Genética e Biologia Molecular | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biologia Vegetal | M/D | 6 | 6 | 6 | 7 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ecologia | M/D | 6 | 7 | 7 | 7 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biologia Animal | M/D | 4 | 4 | 5 | 5 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biociências e Tecnologia de Produtos Bioativos | M/D | – | 4 | 4 | 4 |
| Instituto de Computação | Área Tecnológica | Ciência da Computação | M/D | 5 | 6 | 7 | 7 |
| Instituto de Economia | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Ciências Econômicas | M/D | 5 | 5 | 6 | 6 |
| Instituto de Economia | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Desenvolvimento Econômico | M/D | 5 | 4 | 4 | 5 |
| Instituto de Estudos da Linguagem | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Teoria e História Literária | M/D | 5 | 6 | 7 | 7 |
| Instituto de Estudos da Linguagem | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Linguística | M/D | 6 | 7 | 7 | 7 |
| Instituto de Estudos da Linguagem | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Linguística Aplicada | M/D | 5 | 6 | 6 | 5 |
| Instituto de Estudos da Linguagem | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Divulgação Científica e Cultural | M | 4 | 4 | 5 | 4 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Ciências Sociais | D | 6 | 5 | 5 | 4 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | História | M/D | 7 | 7 | 7 | 6 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Filosofia | M/D | 6 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Antropologia Social | M/D | 5 | 5 | 6 | 5 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Ciência Política | M/D | 5 | 5 | 5 | 6 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Sociologia | M/D | 5 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Demografia | M/D | 5 | 5 | 6 | 6 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Relações Internacionais (*) | M/D | 4 | M(5) D(4) | 5 | 4 |
| Instituto de Filosofia e Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Ambiente e Sociedade | D | 4 | 5 | 5 | 6 |
| Instituto de Física ‘Gleb Wataghin’ | Área de Ciências Exatas e da Terra | Física | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Instituto de Física ‘Gleb Wataghin’ | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Multiunidades em Ensino de Ciências e Matemática | M/D | – | 4 | 4 | 4 |
| Instituto de Geociências | Área de Ciências Exatas e da Terra | Geociências | M/D | 5 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Geociências | Área de Ciências Exatas e da Terra | Política Científica e Tecnológica | M/D | 5 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Geociências | Área de Ciências Exatas e da Terra | Geografia | M/D | 4 | 5 | 5 | 6 |
| Instituto de Geociências | Área de Ciências Exatas e da Terra | Ensino e História de Ciências da Terra | M/D | 4 | 5 | 5 | 4 |
| Instituto de Matemática Estatística e Computação Científica | Área de Ciências Exatas e da Terra | Matemática | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Instituto de Matemática Estatística e Computação Científica | Área de Ciências Exatas e da Terra | Estatística | M/D | 4 | 5 | 5 | 5 |
| Instituto de Matemática Estatística e Computação Científica | Área de Ciências Exatas e da Terra | Matemática Aplicada | M/D | 5 | 6 | 6 | 6 |
| Instituto de Química | Área de Ciências Exatas e da Terra | Química | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
Faculdades
| Unidade | Áreas | Programa | Nível | Conceito 2004/2006 | Conceito 2007/2009 | Conceito 2010/2012 | Conceito 2013/2016 |
| Faculdade de Ciências Aplicadas | Área de Ciências Exatas e da Terra | Administração | M/D | – | – | – | 4 |
| Faculdade de Ciências Aplicadas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ciências da Nutrição e do Esporte e Metabolismo | M/D | – | 4 | 4 | 4 |
| Faculdade de Ciências Aplicadas | Área Tecnológica | Engenharia de Produção e Manufatura | M | – | – | – | 3 |
| Faculdade de Ciências Aplicadas | Programa Inter-Disciplinar | Interdisciplinar em Ciências Humanas e Sociais Aplicadas | M | – | – | – | 3 |
| Faculdade de Ciências Farmacêuticas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ciências Farmacêuticas | M/D | – | – | – | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ciências Médicas | M/D | 5 | 5 | 5 | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Clínica Médica | M/D | 5 | 5 | 5 | 5 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Farmacologia | M/D | 5 | 4 | 4 | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Saúde da Criança e do Adolescente | M/D | 4 | 4 | 5 | 5 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Tocoginecologia | M/D | 5 | 6 | 7 | 7 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ciências da Cirurgia | M/D | 4 | 5 | 5 | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Saúde Coletiva | M/D | 5 | 5 | 4 | 5 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Fisiopatologia Médica | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Gerontologia | M/D | 5 | 5 | 5 | 5 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Saúde, Interdisciplinaridade e Reabilitação | M/D | – | – | 4 | 4 |
| Faculdade de Enfermagem | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Enfermagem | M/D | 4 | 5 | 5 | 5 |
| Faculdade de Educação | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Educação | M/D | 5 | 5 | 5 | 5 |
| Faculdade de Educação Física | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Educação Física | M/D | 4 | 4 | 4 | 4 |
| Faculdade de Engenharia Agrícola | Área Tecnológica | Engenharia Agrícola | M/D | 5 | 5 | 5 | 4 |
| Faculdade de Engenharia Civil | Área Tecnológica | Engenharia Civil | M/D | 4 | 4 | 4 | 4 |
| Faculdade de Engenharia Civil | Área Tecnológica | Arquitetura, Tecnologia e Cidade | M/D | – | – | 4 | 5 |
| Faculdade de Engenharia de Alimentos | Área Tecnológica | Engenharia de Alimentos | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Faculdade de Engenharia de Alimentos | Área Tecnológica | Tecnologia de Alimentos | M/D | 5 | 5 | 6 | 5 |
| Faculdade de Engenharia de Alimentos | Área Tecnológica | Ciência de Alimentos | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Faculdade de Engenharia de Alimentos | Área Tecnológica | Alimentos e Nutrição | M/D | 6 | 6 | 5 | 5 |
| Faculdade de Engenharia de Alimentos | Programa Interinstitucional | Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia | D | – | – | – | 4 |
| Faculdade de Engenharia Elétrica e Computação | Área Tecnológica | Engenharia Elétrica | M/D | 7 | 7 | 7 | 6 |
| Faculdade de Engenharia Mecânica e Instituto de Geociências | Programa Multiunidade | Ciências e Engenharia de Petróleo | M/D | 4 | 5 | 4 | 5 |
| Faculdade de Engenharia Mecânica | Área Tecnológica | Engenharia Mecânica | M/D | 7 | 7 | 7 | 5 |
| Faculdade de Engenharia Mecânica | Área Tecnológica | Planejamento de Sistemas Energéticos | M/D | 4 | 3 | 3 | 4 |
| Faculdade de Engenharia Química | Área Tecnológica | Engenharia Química | M/D | 7 | 7 | 6 | 6 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Biologia Buco Dental | M/D | 5 | 5 | 5 | 5 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Radiologia Odontológica | M/D | 5 | 5 | 4 | 5 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Materiais Dentários | M/D | 6 | 6 | 6 | 6 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Odontologia | M/D | 7 | 7 | 7 | 7 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Clínica Odontológica | M/D | 6 | 6 | 6 | 7 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Estomatopatologia | M/D | 6 | 6 | 6 | 6 |
| Faculdade de Tecnologia | Área Tecnológica | Tecnologia | M/D | – | 3 | 4 | 4 |
Mestrados Profissionais
| Unidade | Áreas | Programa | Nível | Conceito 2004/2006 | Conceito 2007/2009 | Conceito 2010/2012 | Conceito 2013/2016 |
| Faculdade de Odontologia de Piracicaba | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Gestão e Saúde Coletiva | MP | – | – | – | 5 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Saúde Coletiva: Políticas e Gestão em Saúde | MP | – | – | – | 4 |
| Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica | Área de Ciências Exatas e da Terra | Matemática Aplicada e Computacional | MP | – | – | – | 4 |
| Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica | Área de Ciências Exatas e da Terra | Matemática em Rede Nacional – PROFMAT | MP | – | – | 5 | 5 |
Mestrados Profissionais Recomendados pela CAPES – 2016-2017
| Unidade | Áreas | Programa | Nível | Conceito |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Assistência ao Paciente Oncológico | MP | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Ciência Aplicada à Qualificação Médica | MP | 3 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Genética Humana | MP | 4 |
| Faculdade de Ciências Médicas | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Hemoterapia | MP | 4 |
| Faculdade de Educação | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Educação Escolar | MP | 3 |
| Instituto de Biologia | Área de Ciências Biológicas e da Saúde | Mestrado Profissional em Ensino de Biologia em Rede Nacional – PROFBIO | MP | 4 |
| Instituto de Filosofia a Ciências Humanas | Área de Ciências Humanas, Sociais e Artes | Mestrado Profissional em Ensino de História – PROHISTÓRIA | MP | 4 |